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Viele der 4400 Rückkehrer erkranken an einer sehr ernsten und unbekannten Krankheit. Damit sich die Krankheit nicht noch weiter ausbreitet, müssen die Infizierten in Quarantäne. Bei der Suche nach einem passendem Heilmittel stoßen Agent Baldwin und Skouris auf eine schreckliche Verschwörung.