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Hiro und Ando, die in die Zukunft gereist sind, finden einen Ort der Verwüstung vor. Vor fünf Jahren explodierte dort in NewYork die Bombe. In Isaacs ehemaligem Atelier treffen sie auf den Hiro der Zukunft: einen grimmigen Samurai, der sich dem Terrorismus verschrieben hat. Plötzlich erscheint Matt Parkman mit einem SWAT-Team und verhaftet Hiro, während der Hiro der Zukunft mit Ando fliehen kann. Hiro wird in ein Hochsicherheitsgefängnis der Homeland Security geschafft. Um ihn dort herauszuholen, braucht der Hiro der Zukunft die Hilfe von Peter Petrelli. Doch der führt inzwischen einen Strip-Club, dessen Hauptattraktion Niki ist, und scheint nicht interessiert daran, den Kampf wieder aufzunehmen. Niki schickt die beiden zu Bennet, der in Texas ein Büro leitet, in dem er Heroes, deren Zahl explosionsartig ansteigt, dabei hilft, sich vor den Behörden zu verstecken. Nathan Petrelli, der inzwischen Präsident geworden ist, fährt eine harte Linie zur Kontrolle aller Personen mit übermenschlichen Fähigkeiten und strebt die Eliminierung aller Heroes an. Dazu will er am Jahrestag der Explosion verkünden, Mohinder Suresh habe ein Heilmittel gefunden, das die Gencode-Stränge aller Heroes bereinigt. Die einzige Möglichkeit, die Katastrophe zu verhindern, ist, Hiro zurück in die Vergangenheit zu schicken, wo er Sylar töten soll. Peter, der damals als Bombe explodiert ist, sieht ein, dass er helfen muss. Er dringt mit Hiro und Ando in den Hochsicherheitstrakt der Homeland Security ein. Unterdessen outet sich Präsident Nathan Petrelli bei seiner Wiederbegegnung mit Claire, die von Matt Parkman als Kellnerin in einem texanischen Diner ausfindig gemacht wurde, als das Böse an sich. Er ist nicht Nathan, sondern in Wahrheit Sylar und tötet Claire. Als er vom Versuch erfährt, Hiro aus dem Gefängnis zu befreien, fliegt er vor den Augen der Nation dorthin, um zu verhindern, dass dieser in die Vergangenheit zurückkehrt und sein damaliges Selbst zur Strecke bringt. Es kommt zum Showdown zwischen ihm und Peter. Der Hiro der Zukunft wird von Matt Parkman erschossen. Doch mit Hilfe Mohinder Sureshs, der sich gegen seinen Präsidenten gewandt hat, gelingt es Hiro und Ando, in ihre eigene Zeit zurückzukehren...