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Bei der Sidonia Izana, gerettet und zurückgekehrt, wurde ihr rechter Arm und linkes Bein durch Prothesen ersetzt. Der ebenfalls schwer verwundete Tsumugi wird in eine spezielle Regenerationskammer gebracht. Währenddessen verlangsamt sich Sidonia, um in das Lem-Sternensystem einzudringen und sich mit überlebenden Kolonisten zu treffen.