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Als eine Hexe vor Kyōko auftaucht, kommt Homura an und nutzt ihre Zeitmanipulation, um Kyōko bei der Flucht zu helfen und Sayakas Körper zu Madoka zu bringen. Homura enthüllt, dass die Hexe in Wirklichkeit Sayaka war, dessen Seelenstein sich in einen Trauersamen verwandelt hatte, weil er zu sehr von Verzweiflung befleckt war. Später in dieser Nacht erscheint Kyubey erneut vor Madoka und erklärt, dass seine Rasse, die als Inkubatoren bekannt ist, Mädchen im Teenageralter auswählt und sie zu Hexen erzieht, um mächtige Energie aus dem Übergang von Hoffnung zu Verzweiflung zu gewinnen, um den Hitzetod von . zu verhindern das Universum. Madoka erfährt auch von ihm, dass Inkubatoren emotionslos sind und die menschliche Moral nicht verstehen; Sie ist verärgert über die Enthüllungen. Verzweifelt an der Hoffnung festhaltend, dass es noch einen Weg geben könnte, Sayaka zu retten, bittet Kyōko Madoka, ihr zu helfen, Sayakas menschliche Gefühle zu erreichen und ihren Seelenstein von der Hexe zu erhalten. Als die beiden das Portal betreten, um sich der Hexe zu stellen, nimmt Kyōko den Großteil seiner Angriffe auf sich, während Madoka versucht, Sayaka mit Worten zu erreichen. Als Sayaka jedoch auch Madoka angreift, lässt Kyōko Homura Madoka in Sicherheit bringen, während sie sich selbst opfert, um Sayaka zu zerstören. Kyubey, die wusste, dass es keine Möglichkeit gibt, Sayaka zu retten, verspottet Homura und sagt, dass sie die Walpurgisnacht mit Kyōkos Tod nicht aufhalten kann, ohne dass Madoka ein magisches Mädchen wird.