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Sonic und seine Freunde entdecken ein kleines Raumschiff, das von den Metarex schwer unter Beschuß genommen wird. Sie starten eine Hilfaktion, bei der sie direkt in die Falle der Metarex geraten. Sonic ist geschockt, als er sieht, dass Eggmann sich mit den Metarex verbündet hat. Ein brutaler Kampf entbrennt, bei dem Sonic und Knuckles schwer verletzt werden. Gelingt es den Freunden, der Gefahr dennoch zu entrinnen?