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Allie (Dakota Fanning) und ihre Eltern sind mit dem verletzten Alien John (Eric Close) auf der Flucht. Ihnen dicht auf den Fersen: Doktor Wakeman (Matt Frewer) und Mary Crawford (Elisabeth Donahue). John will Allie mit aufs Raumschiff nehmen: Die Ausserirdischen sollen von ihr menschliche Gefühle und die Unterscheidung von Recht und Unrecht verstehen lernen. Er ist auch überzeugt davon, dass ihre übersinnlichen Kräfte sie auf der Erde eines Tages töten würden. Charlie (Adam Kaufman) versucht, seine Tochter mit aller Macht vor diesem ungewissen Schicksal zu bewahren. Lisas Onkel Tom (Ryan Hurst) will ihnen eine Flucht nach Südamerika ermöglichen. Doch da sie ihre Verfolger dank der Sender in Allies und Lisas Kopf auch dort finden könnten, muss Allie zuerst die Sender deaktivieren. Die Flüchtenden finden schliesslich Unterschlupf in der alten Farm der Clarkes in Texas. Als die Farm von den Aliens heimgesucht wird, muss Allie die Entscheidung ihres Lebens treffen: Nur sie kann die Welt retten.