John

General Breers (James McDaniel) lässt das auf dem militärischen Sperrgebiet gelandete Raumschiff stürmen. Seine Männer werden im Innern von ihren schönsten Erinnerungen und ihren schlimmsten Ängsten heimgesucht. Auch Mary Crawford (Heather Donahue), die sich ebenfalls im UFO befindet, hat eine Begegnung der ganz besonderen Art: Sie trifft ihren Grossvater, der das Alien-Projekt vor mehr als 50 Jahren ins Leben gerufen hat. Endlich kann sie die Frage stellen, die sie ihr ganzes Leben lang gequält hat: Was sah er Furchterregendes in den Augen von Jacob Clarke, dem Sohn des Alien John, so dass er diesen laufen liess? Währenddessen werden Lisa (Emily Bergl) und Charlie (Adam Kaufman), die ihre Tochter Allie (Dakota Fanning) zu befreien versuchen, vom Militär aufgegriffen und eingesperrt. Allie, die in einer seltsamen Trance gefangen scheint, lässt ihre ungeheuren Kräfte spielen: Das Raumschiff hebt ab und entschwindet am Himmel. Daraufhin werden Lisa und Charlie in einem Militärjeep weggebracht. Auch Mary und Doktor Wakeman, der sich höchst unkooperativ verhalten hat, werden abgeführt. Allie ist unauffindbar. Vermutungen werden laut, dass sie sich bei ihren ausserirdischen Verwandten im Raumschiff befindet. Einzig Mary ist überzeugt, dass es für Allies Verschwinden eine andere Erklärung gibt und dass die Kleine noch immer auf der Erde weilt.