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Die Schildkröten entdecken eine atlantische Stadt, nicht im antiken Griechenland, sondern in der Neuzeit. Nachdem die Schildkröten einen Mann getroffen haben, der in Wirklichkeit der wahre König von Atlantis ist, müssen sie Shredder besiegen und Bebop entthronen, der als Marionettenkönig eingesetzt wurde