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Auf seiner Jagd nach Hinweisen für die Verschwörung bekommt es XIII (Stuart Townsend) mit dem brutalen Sicherheitsteam des Synequanon-Konzerns zu tun. Schließlich spürt XIII einen Wissenschaftler auf, den der Konzern gefangen hält. Der hat eine ganz besondere Verbindung zu den geheimnisvollen Briefen.