Phi Brain: Kami no Puzzle

Als Raetsel Kaito herausfordert, sich ihr im Puzzle of God vor Jin und Pythagoras zu stellen, werden sie von Nonoha begrüßt, der sich in dieser Zeit zu einem POG-Löser entwickelt hat. Ihr Gefühl, dass Rätsel mit den Gefühlen anderer gelöst werden, bricht zu Raetsel durch und bringt sie und Kaito zurück in die Realität, wo sie das Rätsel fortsetzen. Kaito nutzt seine Fähigkeiten, um Raetsel zu ermöglichen, das Rätsel zu gewinnen, und sie werden beide an die Spitze des Turms gebracht, wo Orpheus versucht, Kaito in Besitz zu nehmen. Rook, der seinen eigenen Tod vorgetäuscht hatte, verwendet jedoch Cubics System, um zu verhindern, dass Orpheus Kaitos Gedanken übernimmt, während Kaito enthüllt, dass Orpheus und Jin bereits verschmolzen waren. Nachdem er verstanden hatte, dass Kaito und Raetsel das Einzige war, was ihm und Raetsel fehlte, war die Fähigkeit, Spaß mit Rätseln zu haben, und gab Kaito seine letzten Wünsche, bevor er starb. Etwas später,Während alle Absolventen der Root Academy sind, schafft es Nonoha, das Rätsel zu lösen, das Jin zurückgelassen hat, und macht sich auf die Suche nach Kaito, der Kindern hilft, Rätsel zu genießen.