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1989 John Byers verliebt sich auf einer Computermesse in die geheimnisvolle Susanne Modeski, die ihn unerwartet um Hilfe gegen einen Regierungsbeamten bittet. Auf ihre Bitte hin hackt sich Byers in das Computernetz des Verteidigungsministeriums. Den Informationen entnimmt er, dass Susanne eine vom Militär gesuchte Killerin ist. Fox Mulder ist in offiziellem Auftrag auf der Suche nach ihr. Doch Susannes Freunde haben Beweise für ihre Unschuld - und Beweise für eine Verschwörung der Regierung gegen das Volk. Bei seinen Ermittlungen trifft er auf seine späteren Freunde Byers, Frohike und Langly.