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Die zweite Staffel spielt 19 Monate nach der letzten Schlacht in Folge 12. Slaine bekämpft im Trümmerhaufen des Mondes die Kataphrakt der Terraner. Danach stellt sich heraus, dass die Prinzessin sowie Saazbaum leben. Frozen Elysium bekämpft mit einem einfrierenden Kataphrakt die Terraner. Inaho gelingt es, den Kataphrakt zu besiegen. Dann folgt eine Rückblende, in der gezeigt wird, dass Inaho von seinen Freunden gerettet wird. Mit Hilfe von Blutresten auf seiner Wange welche von der Prinzessin stammen, kann das Aldnoah aktiviert werden, wodurch die Deucalion zur Basis fliegen konnte. Am Ende dieser Folge wird gezeigt, dass die Prinzessin, die nun auf Seiten der Marsianer zu sein scheint, eine andere Person ist. Die Prinzessin befindet sich derzeit in einem Koma-ähnlichen Zustand und wird von Slaine besucht.