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Die Code:Breakers suchen weiterhin nach Hitomi, sind jedoch erfolglos. Während in ganz Japan weiterhin Bomben explodieren, erhalten die Code:Breakers, die japanische Regierung und die Kizakura anonyme E-Mails mit detaillierten Angaben zum Standort der Bomben und zum Fund von Hitomi im Sky Tower. Toki und Kanda machen sich auf den Weg zum Sky Tower, während Yūki loszieht, um so viele Bomben wie möglich zu suchen und zu entschärfen. Ōgami kommt zuerst am Sky Tower an, um Sakura zu retten, aber Hitomi fängt ihn ein und verwickelt ihn in einen erbitterten Kampf. Dadurch werden Ōgamis Bluesflammen von Hitomis Elektrizität überwältigt. Als Sakura es schafft, sich zu befreien, enthüllt Hitomi ihnen, dass der Premierminister versucht hat, Hitomi töten zu lassen, um ihn daran zu hindern, die Code:Breakers aufzudecken. Hitomi bringt dann seinen Wunsch zum Ausdruck, eine Welt zu schaffen, in der Menschen mit besonderen Fähigkeiten ein glückliches Leben in Freiheit und nicht als Regierungshunde führen können. Toki und Kanda werden von Heike aufgehalten, die Toki in einem erbitterten Duell gegenübersteht. Die japanische Regierung und die Kizakura beginnen, Orte mit Bomben zu isolieren, es mangelt ihnen jedoch an Personal. Yukihina macht sich daran, alle Kinder mit besonderen Fähigkeiten in der Forschungseinrichtung zu retten, doch als sie von Rui getroffen wird, stellt sich heraus, dass sie noch am Leben ist.