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Im Krieg gegen das Britannische Reich wird Japan besiegt und zur Kolonie gemacht, sein Name wird zu Area 11 geändert. Seitdem sind sieben Jahre vergangen. Der 17-jährige Lelouch, Sohn des 98. Britannischen Kaisers und Prinz des Heiligen Britannischen Reiches, besucht die Ashford – Akademie und führt das Leben eines Müßiggängers. Im Krieg wurde sein Herz zutiefst verletzt und nährt seitdem einen tiefen Hass gegen alle Adligen, obwohl er selbst einer ist. Im Augenblick gibt es jedoch nichts, was er tun könnte. Er kann die ihm verhassten Britannier nur im Schachspiel besiegen, ein Gebiet, auf dem er brilliert. Sein Leben verändert sich schlagartig, als er sich plötzlich in einem Kampf zwischen der Widerstandsbewegung und der britannischen Armee wiederfindet. Nach einer unfreiwilligen Fahrt mit einem Lkw findet er sich in der alten U-Bahn im Ghetto von Shinjuku wieder, wo er Suzaku Kururugi trifft, einen alten Freund aus Kindertagen. Suzaku ist eigentlich ein Eleven, aber genießt den Status eines Ehrenbritanniers und ist Mitglied der britannischen Armee.Aus einer Kapsel, die der Lkw transportiert, erscheint plötzlich ein Mädchen und die Tragödie nimmt seinen Lauf: Suzaku versucht, das Mädchen und Lelouch zu beschützen und wird deshalb vom Kommandanten seiner Einheit erschossen. Daraufhin übergibt das Mädchen dem verzweifelten Lelouch ein Geass, eine geheimnisvolle Macht, die es ihm erlaubt, andere Menschen zu kontrollieren.