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An einem bestimmten Ort und zu einer bestimmten Zeit wird Shinji Takamiya von einem Weltraumbeben überrascht. Als er den Ort des Geschehens erreicht, entdeckt er ein Mädchen, das dort allein ist. Das Mädchen, das sich als Mio vorstellt, leidet an Gedächtnisverlust und kann sich kaum an etwas erinnern. Aus Mitgefühl nehmen Shinji und seine Schwester Mana sie bei sich auf.