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General John Acosta rekrutiert MacGyver, um ein streng geheimes Projekt aus einem Militärlabor zu stehlen, um Schwachstellen im Sicherheitssystem des Labors ausfindig zu machen. Phoenix soll dadurch seine Sicherheitsfreigabe zurückbekommen. Dann stellt sich jedoch heraus, dass der General einen Angriff mit der gestohlenen Waffe plant. Phoenix muss ihn aufhalten, bevor die Waffe eingesetzt wird.