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Dax liegt im Krankenhaus, weil ihn seine Robo-Katze ins Bein gebissen hat und der Lehrerin Miss Mari wird von einem wütenden Robo-Hund die Handtasche geklaut. Lan und Maylu sind Zeugen des Diebstals und verfolgen den Hund bis in die U-Bahn. Dort treiben Wily und die „World Three“ gerade ihr Unwesen: Aufgrund einer Manipulation gerät die U-Bahn außer Kontrolle. Lan und MegaMan versuchen, die drohende Katastrophe zu verhindern.