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Eine mysteriöse Melodie erfüllt die Äther von Echo Ridge und lässt alle einschlafen. Mega Man eilt zur Quelle, einem EM Wave Human namens Lyra Note. Die beiden kämpfen und Sonia gerät aus Lyras Kontrolle. Später beginnen die beiden zu streiten, aber Lyra stimmt zu, Sonia nicht mehr zu kontrollieren, wenn sie schläft, und nicht mehr zu versuchen, die Welt zu erobern. Dann vermutet Copper, dass Geo eine Verbindung zu Mega Man hat und folgt ihm durch die Stadt. Währenddessen verschmilzt ein EM-Virus ungewollt mit einem verärgerten Künstler, der dann in einem Museum tobt. Copper sperrt Geo in seinem Streifenwagen ein, während er versucht, sich selbst um den Angriff zu kümmern.