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Mystery Inc. gibt es nicht mehr und prompt wird das Städtchen Crystal Cove von einem Clown terrorisiert. Während Fred nach seinen leiblichen Eltern sucht, ist Shaggy auf der Militärakademie und Scooby auf einer Farm eingesperrt. Da nur Velma in der Stadt geblieben ist, versucht sie alles, um Bürgermeister Nettles davon zu überzeugen, Mystery Inc. wieder zusammenzutrommeln. Wird ihr das gelingen?