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Ein achtjähriger Junge (Landon Gimenez) wacht alleine in einem Reisfeld irgendwo in China auf, ohne zu wissen, wo er ist und wie er dort hingekommen ist. Der Name des Jungen ist Jacob, und langsam scheint ein wenig Licht ins Dunkel gebracht werden zu können, als sich Jacob an seine Heimatstadt Arcadia erinnert. Der Migrationsbeamte J. Martin Bellamy (Omar Epps) nimmt sich Jacob an und bringt nach Arcadia zu dem Haus, das Jacob als seine zu Hause beschreibt. Darin wohnt ein älteres Pärchen, Henry (Kurtwood Smith) und Lucille (Frances Fisher) Langston, die beiden ihren Sohn Jacob vor mehr als 30 Jahren verloren haben. Jacob erkennt die beiden als seine Eltern und Lucille ist überglücklich, nach so langer Zeit ihren Sohn wiederzuhaben. Henry tut sich damit jedoch noch etwas schwer. Die Bewohner von Arcadia verlangen nach Antworten, allen voran Sheriff Fred Langston (Matt Craven), dessen Frau Barbara (April Billingsley) vor 30 Jahren bei dem Versuch Jacob zu retten ertrank, und Maggie, eine Ärztin und Freds Tochter. Pastor Tom (Mark Hildreth) erklärt die neuesten Ereignisse als ein göttliches Wunder. Doch den Dinge nehmen eine schockierende Wendung, und so wird auch Maggies langjährige Freundin Elaine Richards (Samaire Armstrong) immer tiefer in das große Mysterium von Arcadia mit hineingezogen.