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Nachdem Shaggy und Scooby erfahren haben, dass Dr. Phibes eine große Menge der neuen Nano-Tech-Rezeptur in sich hineingeschlungen hat, müssen sie schnell einen Plan ausarbeiten, um das Innere seines Körpers wieder von den Nano-Bots zu befreien – bevor sie ihn nicht mehr stoppen können und es zu spät ist …