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Ittoki Sakuraba ist zusammen mit seinem Freund aus Kindertagen, Kosetsu, ein regulärer Mittelschüler. Seine Familie besitzt einen lokalen Supermarkt und da sein Vater verstorben ist, ermutigt ihn seine Mutter Yumika, zahlreiche außerschulische Aktivitäten zu unternehmen, um sich auf die Zukunft vorzubereiten. Eines Tages kommt ein Mädchen namens Satomi Tsubaki auf Ittokki zu und bittet um ein Date mit ihm. Von dem plötzlichen Geständnis überrascht, stimmt Ittoki zu, ist aber überrascht, als Satomi ihn direkt zu ihrem Haus bringt. Als er jedoch ankommt, greifen ihn Satomi und ein Team von Ninjas an. Er wird von Kosetsu, seinem Onkel Tokisada und den Supermarktangestellten gerettet, die alle selbst Ninjas sind. Yumika erklärt dann, dass Shinobi sich an die moderne Zeit angepasst haben und bis heute existieren. Mit dem Tod seines Vaters ist Ittoki sein Nachfolger als 19. Oberhaupt des Iga-Shinobi-Clans. was ihn zu einem Ziel für den rivalisierenden Koga Shinobi Clan macht. Währenddessen erklärt der derzeitige Anführer der Koga, Kidou, seinem Clan, dass sie sich an den Iga für den Tod ihres früheren Anführers, Kishinmaru, rächen werden.