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Sechs Chaos Emeralds wurden mittlerweile gefunden, doch einer davon ist noch im Besitz des finsteren Eggman, der außerdem plant, einen weiteren von seinem Roboter E-77 suchen zu lassen. Unterdessen sucht auch Knuckles nach dem letzten Chaos Emerald. Er glaubt, dass die einzige Möglichkeit, ihn zu erlangen, eine Partnerschaft mit Eggman ist - ein fataler Fehler ...