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Die Klone von The Bad Batch finden sich nach The Clone Wars in einer veränderten Galaxie wieder. Nachdem auch in dieser die Order 66 ausgeführt wurde, kommt es zu Komplikationen, die das Leben der übrigen Jedi gekostet haben. Die Truppe macht sich auf den Weg nach dem Heimatplaneten der Klonkrieger, wo sie in einer Simulation auf ihre Kampferfahrung getestet werden.
Nachdem die Inhibitor Chips ihren Befehl ausführen, beginnt ein Kampf, in der die Truppe gegen ihre eigenen Brüder kämpfen müssen.