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Auf dem Planeten Naboo werden separatistische Droiden gesichtet und es gibt mehrere tote Tiere. Padmé Amidala und Jar Jar Binks machen sich auf, um herauszufinden was diese beiden Dinge miteinander zu tun haben könnten. Sie treffen auf die Shaak Farmerin Peppi Bow und mehrere tote SHaaks die zuvor aus einem vergifteten Fluss tranken. Jar Jar und Padmé folgen dem Fluss und werden in einem Sumpfgebiet von Kampfdroiden gefangen genommen. Die Droiden bringen sie in die unterirdischen Labore des wahnsinnigen Dr. Nudo Vindi, der das totbringende "Blauschattenvirus" wiederentwickelt hat. Er hat das Virus so modifiziert das es über die Luft übertragen werden kann und mit Bomben benutzt werden kann. In der Originalversion spricht er mit einem unverkennbaren deutschen Akzent. Anakin, Obi-Wan und Ahsoka folgen zusammen mit ein paar Klonkriegern in den Sumpf, da Padmé noch vor ihrem Verschwinden die Naboo über die geheimen Labore berichten konnte. Die Jedi teilen sich auf und brechen ins Labor ein um den Doktor gefangen nehmen zu können und die Bomben stillzulegen. Obi-Wan kann mit seinen Truppen die Bomben entschärfen während Anakin den Doktor festnimmt.