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Die Turtles haben Shredder vernichtet. Jetzt aber kämpfen die Mafia, die Purple Dragons und die restlichen Foot-Ninjas um die Reste von Shredders Imperium. Da sich Leonardo für das Chaos verantwortlich fühlt, macht er sich auf zum Hauptquartier des Foot-Clans. Unterstützt wird der Turtles im Kampf gegen die Bösewichte von seinen Brüdern.