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Wenn die Koopalings nicht davonkommen können, ihren Müll in das Mushroom Kingdom zu werfen, werfen sie alles nach Brooklyn . Der Koopa-Müll verwandelt die Bürger in "Koopa Zombies", also müssen Mario und Luigi einen Weg finden, alles zu recyceln und Koopa davon abzuhalten, Brooklyn in "Kooplyn" zu verwandeln.