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Es ist der 200. Jahrestag des Untergangs von Captain Khans Piratenschiff und Kijimunaa, die Beschützerin des Waldes, warnt Yuna und Stitch vor Piraten, die sich der Insel nähern. Aber Rock, Audrey und ihre Besatzung sind keine wirklichen Piraten, sondern Mitglieder eines Piratenclubs, die den magischen Chitama Stein suchen, um Captain Khans gesunkenes Schiff zu heben. Als das Schiff dann gehoben wird, nehmen Captain Khan und seine Geistercrew Audrey und Yuna gefangen und es bleibt Stitch vorbehalten, seine Freunde zu retten.