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Als sich der Komet 'Kahooey' der Erde nähert, befürchtet Biff Tannon, dass nun die Aliens wiederkehren, denen er schon vor 25 Jahren begegnet war, als der Komet das letzte Mal an der Erde vorbeiflog. Tatsächlich entdeckt Biff kurz darauf einen merkwürdigen Flugapparat wieder - das Raumschiff der Aliens - den er zuletzt vor 25 Jahren sah. Doc Brown erklärt allerdings, es handele sich keinesfalls um ein außerirdisches Raumschiff, sondern um einen fliegenden Beobachtungsposten, mit dem er den Kometen 'Kahooey' untersuchen wolle. Der einfältige Biff hält daraufhin Doc für einen Alien und alarmiert die Nationalgarde, die Browns Haus belagert. Jules und Verne müssen ihrem Vater aus der Klemme helfen. Sie reisen 25 Jahre zurück in die Vergangenheit um herauszufinden, welchen vermeintlichen 'Alien' Biff damals wohl begegnet ist. Dabei machen sie eine überraschende Entdeckung: Ihr Vater, Doc Brown, scheint tatsächlich von einem anderen Stern zu kommen...