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Ein Jahr nach dem Tod des Regisseurs Phil Coulson, S.H.I.E.L.D. wird unter der Führung von Mack wieder aufgebaut. Sie untersuchen eine Reihe von Energieanomalien, die von feindlichen Fremden aus Portalen gebildet werden, von denen einer in einer Mauer gefangen ist und sich teilweise in Beton verwandelt. Im Weltraum suchen die Agenten Daisy Johnson, Jemma Simmons, Piper und Davis nach Leo Fitz, der zuletzt in einer Kryofreeze-Kammer auf einem Raumschiff mit dem Chronicom Enoch gesehen wurde. Sie finden das Raumschiff verlassen und die Kammer leer. Simmons erfährt, dass die Kammer auf Naro-Atzia geschaffen wurde, aber die anderen beschließen, zur Erde zurückzukehren. Sie werden von einem Kreuzer der Konföderation angegriffen und in der Flucht plant Simmons einen Kurs nach Naro-Atzia. Mack und Melinda May rekrutieren Dr. Marcus Benson, um bei der Gründung eines S.H.I.E.L.D. Akademie und bieten wissenschaftliche Unterstützung. Sie finden Koordinaten über den Mann in Beton, Tinker, die sie zu einem Museum führen. Die überlebenden Feinde sind da und zerstören das Gebäude, um ihrem Anführer Sarge Platz zu machen, der genauso aussieht wie Coulson.