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Das Team ermittelt im Fall des Todes eines Mannes, der Booth zuvor Informationen über eine mögliche Vertuschungsaktion der Regierung angeboten hatte, die mit einem früheren Fall in Verbindung stehen könnte. Der Mann wurde jedoch ermordet, bevor das Treffen mit Booth stattfinden konnte. Während Booth und das Jeffersonian-Team versuchen, die Verschwörung zu entziffern, stellt sich schnell heraus, dass Booth überfordert ist, woraufhin seine Zukunft beim FBI in Frage gestellt wird.