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Der schäbige Außenposten auf dem Planeten Madrigal wird von einem Trupp weit überlegener gepanzerter Echsenaliens angegriffen und fast alle Menschen kommen dabei ums Leben, obwohl eine Eingreiftruppe des UNSC (United Nations Space Command) unter dem Kommando von Master Chief John-117 (Pablo Schreiber, „Criminal Squad“) landet und den Großteil der Angreifer auslöschen kann. Einzig die junge Kwan Yerin Ha, „Reef Break“) überlebt das Massaker. Als die Soldaten auf der Suche nach überlebenden Feinden eine Höhle erkunden, finden sie dort ein mysteriöses, offenbar außerirdisches Artefakt, das im eigentlich als emotionsloser Befehlsempfänger konzipierten Master Chief eine Wandlung auslöst und ihm plötzlich rätselhafte Visionen beschert. Dies führt dazu, dass er Kwan kurzerhand mit an Bord seines Schiffes nimmt und zusammen mit ihr den verwüsteten Planeten verlässt. Kwan ist scheinbar alles andere als ein völlig normaler Teenager und steht in Verbindung mit dem geheimnisvollen Article 72 (worüber wir erst später mehr erfahren werden). Ferner will die Führungsetage der UNSC Kwans Überleben auf Madrigal zu Propagandazwecken in der alles andere als rosigen Zukunftswelt für sich nutzen. Die Wandlung des Master Chief entgeht mittlerweile auch seinen Vorgesetzten auf dem Planeten Reach nicht: Insbesondere Wissenschaftlerin Dr. Catherine Elizabeth Halsey (Natasha McElhone, „Hotel Portofino“), an weiteren Optimierungsversuchen am lebenden Objekt beteiligt, ist sehr an den Geschehnissen auf Madrigal und natürlich ganz besonders an dem Artefakt interessiert, dass der Master Chief an sich genommen hat. Doch auch bei den außerirdischen Feinden der Menschheit in einer derer Kontrollzentralen an einem unbekannten Ort ist man sich durchaus darüber im Klaren, dass schicksalhafte Ereignisse in Gang gekommen sind.