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25 Jahre vor dem Start der Serie tauchten auf der ganzen Welt riesige Kreaturen auf, die als Drachen bekannt waren, und verursachten vor ihrem Verschwinden eine weitgehende Zerstörung. Kurz darauf wurden Menschen mit ähnlichen Kräften wie die der Drachen geboren und wurden unter dem Namen D bekannt. Derzeit wird der weltweit einzige männliche D, Yuu Mononobe, nach Midgard versetzt und trifft am Strand auf ein nacktes Mädchen, Iris Freyja . Iris hält ihn für einen Eindringling und versucht erfolglos, ihn anzugreifen, verliert dann aber das Bewusstsein aufgrund ihrer Attacke nach hinten und wird von ihm gerettet. Während sich die beiden unterhalten, wird Yuu von seiner Schwester Mitsuki Mononobe angesprochen, die ihm mitteilt, dass er künftig ein Midgard-Student sein wird. Am nächsten Tag wird Yuu in die Brynhildr-Klasse eingewiesen, wo er sich der Opposition der Mädchen gegenübersieht und gezwungen wird, die Dunkle Materie zu transformieren, um seinen Status als D zu beweisen wird informiert, dass Drachen Ds als ihre Gefährten suchen und dass das Drachenzeichen eines D seine Farbe ändert, wenn er von einem Drachen angegriffen wird, und sich bei Kontakt in dieselbe Art von Drachen verwandelt. Nach dem Misserfolg von Iris bei der Transmutation unterhält sich Yuu mit ihr und erklärt ihm ihren Grund für den Kampf gegen Drachen. Ihre Diskussion wird jedoch unterbrochen, als ein Notfallalarm ertönt, der die Annäherung von 'White' Leviathan ankündigt, während gleichzeitig die Farbe von Iris 'Drachenzeichen wechselt.