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Das NCIS-Team ereilt ein Notruf des Forschungsschiffes „Stargazer“, das zwei hilfesuchende Marineoffiziere aufgegriffen hat. Diese sollen eine verdeckte Operation geführt haben, die jedoch unterbrochen werden musste, da ein drittes Mitglied um sein Leben bangte. Als die NCIS-Agenten die „Stargazer“ erreichen, merken sie jedoch schnell, dass hier etwas nicht mit rechten Dingen zugeht …