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Vize Commander Fuyutsuki wird vermisst, und Misato wird wegen ihrer Beziehung zu Kaji festgehalten, der als Hauptverdächtiger gilt. Inzwischen wird Fuyutsuki von SEELE verhört und erzählt von seiner ersten Begegnung mit Yui Ikari und Gendo Rokubungi und den darauf folgenden Ereignissen.