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Dr. Fuji hat sich in den Kopf gesetzt, die ultimative Waffe zu entwickeln. Dazu hat der Wissenschaftler sogar das mächtige Pokémon Mew geklont. Das neu erschaffene Pokémon mit dem Namen Mewtu ist noch stärker als erwartet und auch sein Schöpfer kann es bald nicht mehr in Schach halten. Mewtu zerstört Dr. Fujis Labor und will sich am Wissenschaftler und der gesamten Menschheit rächen. Einige Zeit später bekommen Ash und seine Freunde eine Einladung. Nun müssen sie ihr Können unter Beweis stellen.