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Im Alter von sechs Jahren kamen die Eltern von Mamoru bei einem Autounfall ums Leben. Er selbst hat diesen Unfall überlebt, hat aber sämtliche Erinnerungen an sein bisheriges Leben verloren. Im Krankenhaus findet er einen neuen Freund mit dem Namen Fiore, der ihn von seiner Einsamkeit erlöst. Fiore muss aber die Erde schon bald wieder verlassen. Zum Abschied schenkt Mamoru seinem außerirdischen Freund eine Rose. Gerührt von dieser Geste versprach Fiore ihm, dass er eines Tages wieder kommen werde, um ihm die schönste Blume des Universums mitzubringen.
In der Gegenwart machen Bunny, Mamoru, Ami, Rei, Makoto und Minako einen Ausflug zu einem botanischen Garten. Während Bunny versucht einen Kuss von Mamoru zu bekommen, läuft er davon, weil er das Gefühl nicht los bekommt, dass die Mädchen ihn und Bunny beobachten. Draußen kommt ein Unbekannter auf Mamoru zu. Zuerst erkennt Mamoru nicht, dass es Fiore ist. Als Bunny und die anderen Mamoru finden, stellt sich Bunny zwischen die beiden und stellt energisch klar, dass Mamoru ihr Freund sei. Ohne großen Kraftaufwand wirft Fiore sie daraufhin zu Boden und ihre Freundinnen eilen Bunny zu Hilfe. Nun erinnert sich Mamoru an den jungen Mann: Er ist Fiore, den er das letzte Mal als Kind sah. Die Sailor Kriegerinnen versammeln sich am Hikawa-Tempel und diskutieren, dass ein Meteorit droht, mit der Erde zu kolladieren. Ganz in ihren Gedanken vertieft geht Bunny an die frische Luft und erinnert sich, dass Mamoru ihr erklärt hatte, dass er die ganze Zeit allein gewesen war und dass sie ihm versprochen hatte, dass sie seine Familie ist und ihm beschützen will so gut es nur geht.
Mitten in der Nacht sendet Fiore eine Blume namens Glycina nach Tokio mit der Anordnung alle Menschen Energie zu rauben. Am nächsten Tag werden die Mädchen Zeuginnen der Auswirkungen der gefährlichen Pflanzenbestien. Ami, Rei, Makoto und Minako verwandeln sich in Sailor Kriegerinnen und nachdem Bunny Chibiusa vor den Angriffen einer Bestie gerettet hat, verwandelt auch sie sich in Sailor Moon. Mit dem Einschreiten von Tuxedo Mask werden sie nach harten Kämpfen auch Herr der Lage, doch da erscheint Fiore, von dem Xenian, eine parasitäre bösartige Pflanze Besitz ergriffen hat. Fiore gelingt es, Tuxedo Mask zu entführen und mit auf einem Meteoriten zu verschleppen, der auf die Erde zusteuert. Die Mädchen versammeln sich später und entschließen sich mit Sailor-Transport sich auf den Meteoriten zu beamen, um Tuxedo Mask zu retten.
Tuxedo Mask ist derweil in einem Kristall eingesperrt und träumt vom Kennenlernen mit Fiore, den er damals noch als eine Fantasie-Gestalt hielt, um seiner Einsamkeit zu entkommen. Fiore selbst ist schließlich ausgezogen, um die schönste Blume im Universum für Mamoru zu finden. Er glaubt, sie auch in Xenian gefunden zu haben, doch noch weiß er nicht von ihrer bösen Beeinflussung.
Im All angekommen werden die Sailor Kriegerinnen von den bestialischen Blumen angegriffen. Mit ihren Kräften kommen sie den Monstern bei, doch letzten Endes werden sie von der Überzahl überwältigt und gefangen genommen. Fiore stellt Sailor Moon vor einem Ultimatum, das sie zur Aufgabe auffordert. Andernfalls werden ihre Kameradinnen geopfert. Sailor Moon lässt ihren Mondstab fallen und erklärt, dass sie keinen leiden lassen wolle. Die Xenian-Blume verändert Fiores Persönlichkeit drastisch, das er voller Hass erklärt, er wolle sich Mamoru nicht von Sailor Moon stehlen lassen. Mamoru kann sich endlich aus seinem Kristall befreien und läuft zu Sailor Moon. Fiore attackiert die wehrlose Sailor Moon und raubt ihre gesamte Energie, um sie den Blumen zukommen zu lassen. Die anderen Sailor Kriegerinnen und auch Tuxedo Mask kommen wieder zu sich und eilen Sailor Moon zu Hilfe. Mit letzter Kraft wirft Tuxedo Mask eine Rose, um Fiore aufzuhalten. Jener hält ein, doch die Laufbahn des Meteoriten bleibt unverändert. Angesichts der ausweglosen Lage öffnet Sailor Moon den Crystal Star, der den Silberkristall innehält, um die Erde doch noch zu retten. Tuxedo Mask und die anderen Sailor Kriegerinnen versuchen sie davon abzubringen, den Silberkristall zu verwenden, da sie sonst wie Königin Serenity sterben würde..
Fiore versucht ihr den Silberkristall wegzunehmen, doch sein Vorhaben misslingt ihm. Durch das Hellen leuchten des Silberkristalls sieht Fiore in die Vergangenheit. Dort sieht er, wie die kleine Bunny im Krankenhaus an Mamorus Bett herantritt, als jener dort noch wegen seiner Amnesie stationiert war. Bunny selbst ist im Krankenhaus anlässlich der Geburt ihres kleinen Bruders zugegen und um Mamoru Traurigkeit zu mildern, schenkt Bunny ihm eine Rose, die er später an Fiore weiterreicht. Der Silberkristall nimmt die Gestalt einer kristallinen Lotusblüte an und durch diese große Macht des Silberkristalls wird Fiore von Xenian befreit, die vernichtet wird.
Als Fiore verschwindet, verwandelt sich Bunny in Prinzessin Serenity und mit Hilfe des Silberkristalls, gelingt es ihr, den anderen Sailor Kriegerinen und auch Mamoru, der sich in Prinz Endymion verwandelt, den Metoriten aufzuhalten und so die Erde zu retten. Doch der Silberkristall zerbricht und Serenity bricht leblos zusammen. Auf der Erde ist alles wie es war. Aber Luna, Artemis und Chibiusa machen sich Sorgen. Doch Chibiusa bekundet ihre Zuversicht dadurch, dass Sailor Moon doch ihre Mama sei.
Auf dem Meteor weinen die Mädchen über Bunny, die sich nicht mehr regen kann. Endymion nimmt Serenity trauernd in seine Arme. Da erscheint Fiore und als Dank für seine Rettung übergibt er Endymion eine Blüte, die seine Lebensenergie beherbergt. Nachdem sich Fiore auflöst, geht die Lebensenergie auf Serenity über und sie erwacht nach einem Kuss von Endymion. Serenity öffnet sachte ihre Augen und spricht zu ihren Liebsten: "Ich habe euch gleich gesagt dass mir nichts passieren wird."
Das Glück und die Überwältigung bei Endymion und den Kriegerinnen ist groß, als ihre liebste Freundin ins Leben zurückgekehrt ist.