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Das neue Schlachtschiff Apollo bringt beunruhigende Neuigkeiten nach Atlantis: Es hat eine Armada der Replikatoren aufgespürt, die allem Anschein nach einen Angriff auf die Erde vorbereiten. Colonel Ellis und das Atlantis-Team entschließen sich zum nuklearen Erstschlag. Die Operation gelingt und die Armada wird vernichtet – doch fast zeitgleich taucht im geosynchronen Orbit über Atlantis ein Satellit mit integriertem Stargate auf. Aus dem Satelliten schießt ein starker Laserstrahl, der die Schildenergie von Atlantis innerhalb eines Tages völlig aufzehren könnte. Da der Satellit durch einen undurchdringlichen Schild geschützt ist, scheint es nur eine Frage der Zeit, bis er Atlantis in Schutt und Asche legt. Es ist die Zeit für kreative Rettungsversuche: McKay schlägt vor, die Stadt im Wasser zu versenken, wie es Jahrtausende zuvor die Antiker taten. Der sofort umgesetzte Vorschlag führt jedoch nicht zum erhofften Erfolg. Im Gegensatz zu früher dringt der Energiestrahl problemlos auch durch gewaltige Wassermassen. Das Stargate-Team sucht nach einer Alternativlösung. Schließlich entsteht der Plan, einen Asteroiden als Deckung in den Energiestrahl zu manövrieren und gleichzeitig mit Atlantis in den Hyperraum zu starten. Der riskante Plan scheint zu gelingen doch dann wird der Asteroid zerstört, bevor Atlantis entkommen kann …