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Dr. Elizabeth Weir erwacht in einer psychiatrischen Klinik in Washington D.C. Die Geschichte, die ihr der Psychiater Dr. Fletcher erzählt, klingt für Elizabeth zunächst unglaublich: Demnach sind die letzten zwei Jahre, die sie in Atlantis und auf verschiedenen Stargate-Missionen verbracht hat, nur ein Produkt ihrer Phantasie – hervorgerufen durch eine Psychose, die sie nach dem Unfalltod ihres Verlobten erlitten hat. Elizabeth versucht, sich in dem für sie neuen Leben auf der Erde zurechtzufinden, hat aber anfangs einige Schwierigkeiten. Unterstützt wird sie von ihrer Mutter und General Jack O’Neill, der ihr glaubhaft versichert, nie von einem Stargate-Programm gehört zu haben – geschweige denn von einer außerirdischen Stadt namens Atlantis. Trotz ihrer Bemühungen, sich wieder in die Gesellschaft einzugliedern, wird Elizabeth immer wieder von beunruhigenden Visionen heimgesucht, in denen sie dazu gedrängt wird, nach Atlantis zurückzukehren …