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Die Turtles stehen in dem Bandenkrieg, der nach Shredders Untergang aufgeflammt ist, zwischen allen Fronten. Um endlich Frieden zu schaffen, schließen sie einen Pakt mit Karai, der Ziehtochter von Shredder. Doch der Plan schlägt fehl und der Kampf entflammt von Neuem. Der vorübergehend abtrünnige Raphael und Meister Splinter tauchen gerade noch rechtzeitig auf, um das Schlimmste zu verhindern.