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Während Professor Xavier und Magneto planen, in der verborgenen Dschungelwelt mitten in der Antarktis die Zitadelle zu stürmen, die einst Magneto gebaut hatte, die aber jetzt von neuen Machthabern missbraucht wird, tappen die X-Men in eine Falle. Sie lassen sich zu Sinister locken, der die Kräfte von Jean und Cyclops zusammenfassen und daraus einen Supermutanten erschaffen will …