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Er ist ein CIA-Agent ohne Erinnerung: Der namenlose „XIII“ (Stuart Townsend) kann aus einem geheimen Gefängniscamp fliehen. Als seine Retter offenbaren sich Ex-Präsident Sheridan (Ted Atherton) und die Killerin Irina Svetlanova (Virginie Ledoyen). Sie bieten ihm einen Deal an: Wenn XIII den Inhalt eines Safes aushändigt, auf den nur er zugreifen kann, wird Sheridan ihm Informationen über sein bisheriges Leben geben. Da tauchen plötzlich Killer auf, und XIII muss fliehen.