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Zunächst müssen die Bewohner von Eureka im Staffelauftakt noch mit dem unerklärlichen Verschwinden der Astraeus zurechtkommen. Zumindest für die Zuschauer geht es jedoch schnell weiter - das Raumschiff legt eine Bruchlandung in Eureka hin. Die Besatzung ist erstaunt und erschüttert als sie feststellt dass seit ihrem Verschwinden vier Jahre vergangen sind. Während Allison (Salli Richardson-Whitfield) und die anderen Crewmitglieder mit den zahlreichen Veränderungen umgehen müssen die sich in ihrer Abwesenheit zugetragen haben versuchen Sheriff Carter (Colin Ferguson) und Henry (Joe Morton) mit den neuen Erkenntnissen den Ursachen für den Vorfall auf den Grund zu gehen - mit tödlichen Konsequenzen...