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Kapitän Kobayashi kündigt an, dass Sidonia Kurs auf das Lem-Sternensystem nehmen und das Mutterschiff der Gauna verfolgen wird, das die Kolonisten auf dem Planeten Lem VII bedroht. Gerade als Guimera Tsumugi eine gemeinsame Übung machen will, entdeckt sie eine große Gauna-Formation, die sich Sidonia nähert.