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Rot erreicht schließlich die Pokémon-Liga auf dem Indigo-Plateau, wo er gegen die Elite Four kämpft und sie besiegt. Er entdeckt jedoch, dass Blue ihn zum Titel des Pokémon-Liga-Champions geschlagen hat. Um den Titel für sich zu erringen, fordert Rot Blau zu einem Kampf heraus. Das Match läuft auf einen Showdown zwischen Reds Charizard und Blues Blastoise hinaus, mit Charizard, der sich durchsetzt. Sie werden dann von Professor Oak besucht, der Red und seine Pokémon in der Geschichte der Ligameister verewigt. Danach setzt Red seine Reise fort und schafft es, alle 149 bekannten Pokémon zu fangen. Als er nach Hause zurückkehrt, erfährt Red jedoch, dass Blau von einem mysteriösen Pokémon schwer geschlagen wurde, das nicht unter den von Rot getroffenen Pokémon aufgeführt ist. Red erinnert sich an ein Tagebuch, auf das er während seiner Reisen gestoßen ist, und schlussfolgert, dass es sich um ein künstlich hergestelltes Pokémon namens Mewtu handelt . Nachdem er von Oak Ratschläge zu den Steinen erhalten hat, die Fuji ihm gegeben hatte, geht Red zu Mewtu und stellt fest, dass er unglaublich mächtig ist. Als sowohl Red als auch Charizard entschlossen sind, nicht aufzugeben, beginnen die Steine, die sie erhalten haben – die sich als Mega-Steine enthüllten – zu leuchten, was zu einer Mega-Entwicklung führtdas verwandelt Charizard in Mega Charizard X, wodurch sie Mewtu besiegen und erobern können. Als Red feststellt , dass immer noch ein Mew zu finden ist, ist er entschlossen, seinen Pokédex vollständig zu vervollständigen.