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Während eines Erkundungsfluges entdecken Teyla und Major Sheppard, dass sich ein gewaltiger Sturm zusammenbraut, der Atlantis und die Siedlung der Athosianer bedroht. Ohne Schutzschild würde die Stadt bis auf die Grundmauern zerstört werden. Da die Zeit drängt, beschließt die Stargate-Crew, die Athosianer mit Hilfe des Stargates zu evakuieren. Tatsächlich erklären sich die Maranianer bereit, die Flüchtlinge kurzzeitig bei sich aufzunehmen. Allerdings arbeiten sie heimlich mit Cowen und den Genii zusammen. Sie verraten Cowen nicht nur, dass Atlantis bald nur noch notdürftig besetzt und damit ohne jeden Schutz sein wird, sondern entlocken außerdem noch einem der Athosianer den Zugangscode für das Atlantis Gate. Daraufhin schickt Cowen den Kommandanten Kolya mit einer Truppe Soldaten nach Atlantis. Während Teyla, Ford und Beckett weiterhin mit der Evakuierung der letzten Athosianer beschäftigt sind, versuchen Dr. Weir, Dr. McKay und Major Sheppar vom Atlantis Gate aus die vier Pfeiler von Atlantis abzukoppeln. Da tauchen Kolya und seine Männer auf, überwältigen Weir, McKay und Sheppard und nehmen sie als Geiseln...