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Dr. McKay unterzieht sich einer speziellen Gen-Therapie, damit er den genetischen Code der Antiker in seine DNA aufnehmen kann. Nur so ist er in der Lage, die Technologie von Atlantis benutzen zu können. Doch als es endlich soweit ist, tun sich neue Probleme für McKay auf, denn er hat ein persönliches Kraft- und Schutzfeld für sich aktiviert, das er leider nicht mehr abstellen kann. Zu spät hat er entdeckt, dass ihn dieses Feld zwar unverwundbar macht, ihn aber gleichzeitig an der Nahrungsaufnahme hindert. Während eines Versteckspiels öffnen Kinder einen Sicherheitsbehälter, dem sofort ein schwarzer Schatten entströmt. Zunächst nimmt das Atlantis Team an, dass es sich um ein harmloses ätherisches Gebilde handelt, aber dann mehren sich auf einmal Fälle von technischen Störungen auf Atlantis und das Team stellt fest, dass es sich bei dem dunklen Schatten um eine mysteriöse Kreatur handelt, die sämtliche Energiequellen von Atlantis anzapft...