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Während die feindlichen Wraith-Basisschiffe immer näher kommen, suchen gleich mehrere Teams der Atlantis-Crew nach sicheren Evakuierungsorten für alle Bewohner von Atlantis. Gleichzeitig machen sich Dr. McKay, Peter Grodin und ein Pilot auf den Weg zu einem stillgelegten Satelliten der Antiker, der ihnen als Waffenplattform diente. Sie wollen versuchen, ihn per Naquadah-Generator wieder zu aktivieren und gegen die Wraith einzusetzen. In einer halsbrecherischen Aktion gelingt die Mission, doch Peter Grodin schafft es nicht mehr an Bord des Jumpers, bevor die Wraith-Schiffe auftauchen. Er vernichtet eines der drei Basisschiffe, wird aber dann von den Wraith abgeschossen. Dr. Zelenka hat derweil einen Mechanismus entwickelt, der Atlantis nach der Evakuierung der Menschen zerstören soll, damit es nicht in die Hände der Wraith gerät und sie nicht durch ein Stargate auf die Erde gelangen können. Ein Virus soll außerdem die Datenbank der Antiker löschen.