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Als der Sarg der Deutschen Gisela Aichinger aus der Wohnung der Organisation Transitus getragen wird, müssen sich die Sterbebegleiter durch eine Menschenansammlung kämpfen. Die Mitglieder der religiösen Vereinigung Pro Vita protestieren gegen die Sterbehilfe. Da taucht plötzlich der Sohn der Toten auf. Martin Aichinger wirkt verwirrt, bedroht die Anwesenden und behauptet, seine Mutter habe sich nicht freiwillig zum Sterben in die Schweiz begeben. Am selben Abend wird die Sterbebegleiterin Helen Mathys niedergeschlagen und mit einem Plastiksack erstickt. Die Kommissare Reto Flückiger und Liz Ritschard sprechen zuerst mit Dr. Hermann. Der Gründer und Leiter von Transitus erklärt den Ermittlern, wie ein begleiteter Suizid in der Regel abläuft. Die beiden ehrenamtlichen Transitus-Mitarbeiter Jonas Sauber und Nadine Camenisch waren am Vortag zusammen mit dem Mordopfer verantwortlich für die Durchführung der Sterbebegleitung. Weil der Hauptverdächtige Martin Aichinger sich gewaltsam deren Adressen beschafft hat und untergetaucht ist, vermuten Flückiger und Ritschard, dass die beiden in Gefahr sind. Ebenfalls verdächtig macht sich Josef Thommen, Leiter und charismatischer Kopf von Pro Vita. Offensichtlich hat dieser einen Informanten, der ihm sagt, wann jeweils die nächste Sterbebegleitung stattfindet. Thommen scheint jedes Mittel recht zu sein, um die Tätigkeit von Transitus zu behindern. Auch ist er keineswegs die moralisch integere Persönlichkeit, die er nach außen gerne spielt. Die Luzerner Kommissare geraten zwischen die Fronten von Befürwortern und Gegnern der Sterbehilfe.
Der elfte Schweizer „Tatort: Freitod“ handelt von der Haltung dem Tod gegenüber – von freiwilligem und unfreiwilligem Sterben. Die fiktive Organisation Transitus bereitet jenen, die extra aus dem Ausland anreisen, einen würdevollen und selbstbestimmten Tod. Die religiöse Gruppierung Pro Vita hingegen glaubt, dass nur Gott den Todeszeitpunkt bestimmen darf, egal wie krank der Mensch ist. Und schließlich gibt es die Tötung, bei der ein Mensch brutal aus dem Leben gerissen wird. Delia Mayer und Stefan Gubser sowie Fabienne Hadorn als Leiterin der Spurensicherung und Jean-Pierre Cornu als Polizeichef ermitteln. In den wichtigsten Episodenrollen sind Martin Butzke, Martin Rapold, Andreas Matti, Anna Schinz, Sebastian Krähenbühl und Lukas Kubik zu sehen.