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S.H.I.E.L.D., wie Coulson und Co es kannten, liegt in Trümmern. Dekadenlang wurde die Geheimdienstorganisation von Terroristen unterwandert und das Team muss nun mit minimalen Mittel auskommen. Außerdem kann niemandem mehr vertraut werden. Zu allem Überfluss befindet sich Colonel Glenn Talbot (Adrian Pasdar) nun auf der Jagd nach Coulson und dessen Team.
Durch eine geheime Botschaft finden Coulson und seine Agenten eine mehr als geheime S.H.I.E.L.D.-Basis, die vielleicht Klarheit verschaffen würde. Doch der diensthabende Agent nimmt vorerst nur Coulson ins Vertrauen. Zurecht, denn in seinen Reihen befindet sich unbemerkt ein Maulwurf, der alles zerstören könnte und nebenbei seine düsteren Pläne im Auftrag des Clairvoyant weiter verfolgt.